Les menaces qui pèsent sur l’espèce pour la conservation des populations sont celles qui pèsent sur les zones humides. Au cours du siècle dernier, plus de la moitié des zones humides en Europe et dans le reste du monde a disparu (CEE 1995, in Zones Humides 2018).

Après un constat alarmant de perte de 50 % des surfaces des zones humides en France entre 1960 et 1990, les tendances à la régression se sont ralenties mais perdurent malgré la prise de conscience de la valeur de ces milieux et de la mobilisation pour leur protection (Les Cahiers de l’Eau, 2013 ; Zones Humides, 2018 ; Devaux et Helier, 2018). Les milieux humides présentant l’état de conservation le plus défavorable sont les tourbières, les annexes alluviales et les milieux palustres d’eau douce.

Outre les destructions de surface, les zones humides subissent différentes perturbations : contaminations par des métaux traces, polluants organiques, phénomènes d’eutrophisation… Certaines zones humides sont également menacées par l’envahissement de plantes exotiques ; une perte d’habitat est également observée dans les zones intertidales par recul du trait de côte lié aux changements globaux, comme dans l’estuaire de la Gironde (Musseau et al., 2018a). De plus, l’utilisation grandissante d’espaces pour les activités humaines aboutit à la fragmentation des milieux (Tanneberger et Kubacka, 2018).

En Afrique de l’Ouest, on retrouve la concurrence entre l’usage agricole et les espaces naturels. Les zones humides sont également menacées par la pression sur la ressource en eau. En particulier, le développement de la riziculture a été très important ces dernières années, consommant de très grandes surfaces et beaucoup d’eau (Chateau, 1964 ; RFI, 2017 ; FAO/APRAO, 2013).

Comme pour les sites de migration, les zones de nidification sont menacées par l’eutrophisation, la présence d’ouvrages de régulation du niveau de l’eau dans les marais gérés selon les besoins des activités humaines (et donc pas forcément de manière optimale pour les habitats du Phragmite aquatique) et la fragmentation des espaces (Tanneberger et Kubacka, 2018). De plus, des projets de développement d’infrastructures peuvent être une menace supplémentaire pour les habitats naturels. C’est le cas, par exemple, avec le projet (pour le moment de nombreuses fois reporté) du canal de navigation entre la mer Baltique et la mer Noire (projet E40), traversant notamment la vallée de la Prypiat en Biélorussie et Ukraine.

Statut

Le Phragmite aquatique est le passereau d’Europe continentale le plus menacé. Il est inscrit par l’UICN en liste rouge mondiale des espèces protégées (situation vulnérable).