Le Phragmite aquatique est une espèce des zones humides et des estuaires. Son aire de nidification originelle se calquait sur les zones de tourbières marécageuses de l’Europe. Ces zones en eau, très riche en nourriture, où son adaptation intermédiaire entre le déplacement par la marche des fauvettes du genre Locustella et par le vol des fauvettes du genre Acrocephalus lui a permis d’utiliser des niches écologiques peu utilisées par d’autres espèces (Tanneberger et al. in Tanneberger et Kubacka, 2018).

Afin d’identifier les principaux sites, une première présentation des données en cumulant les captures (meilleure détection de l’espèce) de 2000 à 2019, montre que les zones principales pour le Phragmite aquatique en migration post-nuptiale sont les zones estuariennes. Cette approche imparfaite, car elle ne tient pas compte de la répétition dans le temps et de l’effort de capture, donne tout de même une bonne vision des sites importants pour l’espèce en cohérence avec de la connaissance à dire d’expert. Une analyse plus fine à l’échelle de la France doit être faite, comme prévu à l’axe A.
Des zones importantes existent également dans le nord de la France (notamment le marais Audomarois, le Cap et marais d’Opale et la baie de Somme), le long de la vallée de la Loire, en Basse-Normandie, dans le Finistère et jusque dans le Pays Basques.
L’analyse des données de capture-marquage-recapture (Jiguet et al., 2011) montre que la quasi-totalité des jeunes de l’année transite par les zones humides françaises pour rejoindre leur quartier d’hivernage en Afrique de l’Ouest.

En migration pré-nuptiales, l’espèce semble moins utiliser les sites en France. Il est possible aussi qu’elle soit moins détectée et/ou passe plus rapidement, l’impératif biologique étant de rejoindre les zones de nidifications le plus rapidement possible. Des questions demeurent à ce sujet, qui font partie des objectifs de ce nouveau PNA.