L’évaluation de l’état de conservation du Phragmite aquatique est réalisée au niveau européen (pas d’évaluation exigée au niveau national) dans le cadre de la Directive Oiseaux. Toutefois, dans le cadre de la rédaction du 1er PNA 2010-2014, l’exercice d’évaluation de l’état de conservation du Phragmite aquatique avait été proposé au niveau français sur le modèle de ceux réalisés dans le cadre de la Directive Habitats Faune Flore, dans une perspective de mise en valeur de l’évolution de l’état de la population et des habitats au cours de la mise en œuvre du plan (Le Nevé et al., 2009). Au début du PNA, la méthode utilisée avait statué sur une évaluation « défavorable-mauvaise ».
En parallèle, le rapportage européen au titre de l’article 12 de la Directive Oiseaux a inclus un volet sur l’état et les tendances des populations (Comolet-Tirman et al., 2015). Un guide méthodologique a été établi pour accompagner cette évolution et donner les outils pour réaliser cette évaluation (Comolet-Tirman et al., 2012). En 2018, une évaluation des effectifs de Phragmites aquatiques transitant par la France, des menaces qu’ils rencontrent et des mesures de conservation mises en œuvre a été transmise.

Au niveau mondial, comme présenté dans les chapitres précédents, l’aire de répartition de l’espèce diminue, par perte de populations satellites. Un projet de restauration d’habitat pour créer des réseaux de connexion des sites favorables est en cours (programme LIFE Stepping stones towards long-term favorable conservation status of Aquatic Warbler in Lithuania and Belarus, Baltic Environmental Forum Lithuania 2016-2023). Mais pour le moment l’aire de répartition reste fragmentée. Les effectifs sont toujours à la baisse (BirdLife International 2017), même si on observe un ralentissement voire des hausses des effectifs sur quelques secteurs (Tanneberger and Kubacka, 2018).

Au niveau français, les sites d’escales post-nuptiales sur la façade Manche-Atlantique sont bien identifiés, et sont localisées majoritairement dans le réseau Natura 2000. Par contre, les sites utilisés sur la façade méditerranéenne et le centre de la France sont moins connus, notamment en termes d’importance et les lacunes sur la connaissance des sites de migration pré-nuptiale perdurent, même si une notable avancée a été faite pendant le premier PNA. Une analyse globale à venir est nécessaire, la tendance dans les captures en France sur les sites de haltes migratoires post-nuptiales est à la baisse, reflétant la situation mondiale.

Depuis les années 1990, la perte de surface de zones humides s’est ralentie, mais pas interrompue. Les zones humides les plus dégradées sont les tourbières et les milieux palustres d’eau douce, comprenant une bonne part des habitats recherchés par le Phragmite aquatique en migration. De plus, les menaces perdurent avec l’extension de l’urbanisation, les pollutions, etc.
Toutefois, dans le cadre du premier PNA, l’identification des habitats importants a progressé, sa description et la prise en compte dans les modalités de gestion a augmenté.
Des avancées sont constatées en France, par rapport à l’état des lieux dressés au moment de la rédaction du premier PNA. Ces progrès sont le résultat de l’action du PNA, mais restent insuffisants : le statut de conservation du Phragmite aquatique demeure le même que lors de l’évaluation de 2009 « défavorable-mauvaise ».